As obras de restauro devolveram-lhe a qualidade e a dignidade anteriores, afetando positivamente a imagem da Misericórdia. O templo está classificado como Monumento de Interesse Público e inclui-se na zona especial de proteção do Castelo de Palmela e da Igreja de Santiago. O espaço estava danificado, mas preservava a riqueza e qualidade de património de época a nível azulejar, de talha dourada e de pintura mural.
A intervenção estrutural na cobertura acautelou a resistência dos materiais e solucionou os problemas de drenagem que danificavam o interior. Foi realizada uma inspeção nos edifícios vizinhos para apurar os motivos das humidades e executadas novas caleiras de drenagem pluvial. A cobertura foi reabilitada, tendo sido detetada a origem de grandes infiltrações que deterioram a talha dourada do altar-mor.
A igreja tem no seu portal uma inscrição que data de 1566, embora os azulejos sejam dos séculos XVII, XVIII e XX (reproduções com motivos idênticos). Contabilizam-se cerca de 8500 unidades. A porta principal, de castanho (1650) também precisou de restauro. O teto exibe as armas da Misericórdia, mais destacadas depois da limpeza. Também a azulejaria foi limpa, consolidada e completada. A talha exigiu uma desinfestação curativa e preventiva, limpeza e preenchimento adequado das lacunas de policromia do altar-mor e dos altares laterais (S. João Baptista e Nossa Senhora da Piedade). Estava infestada por formiga-branca e tinha sido repintada nos anos 90, do século XX.
Foi, ainda, realizada a limpeza de pintura mural para as quais o FRDL requereu a contratação de uma empresa credenciada pela Direção-Geral do Património Cultural (DGPC).
O templo está aberto diariamente para oração e é visitada por turistas. É igualmente utilizada pela Santa Casa da Misericórdia de Palmela para assinalar grandes datas do calendário. Este símbolo máximo da Misericórdia está no largo com o pelourinho, muito perto do Castelo, da Igreja de Santiago e da Câmara Municipal de Palmela.
O bispo e o presidente da Câmara de Setúbal, representantes do FRDL e demais autoridade civis e religiosas estiveram presentes na cerimónia de inauguração.
FRDL
O Fundo Rainha D. Leonor foi criado pela Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, em parceria com a União das Misericórdias Portuguesas, para apoiar os valores e as atividades das Misericórdias de todo o país, no princípio da autonomia cooperante.